Rajono plotas 1153 kv. km. Žemės čia puikios, karbonatingi priemoliai neretai viršija 50 ekonominių balų. Todėl miškų šiame krašte mažai belikę, vos apie 17 procentų, o žemės ūkio naudmenos čia užima per 75 proc. ploto. Nors Žemgalės lyguma čia formuoja gana nykų, lygų peizažą, tačiau šis rajonas skiriasi nuo aplinkinių, nes yra ir dar šiek tiek išsibangavęs, o Linkuvos gūbrys bei Žagarės ozas netgi gerokai iškilę virš krašto lygumų. Vandenimis rajonas pasigirti negali. Tik Mūša kiek stambesnė upelė, dar Švėtė, kiti upeliukai mažesni, paprastai sumeliuoti, į griovius įsprausti, tik jų vardai vis dar žemgališkai tebeskamba: Liepora, Šeševė, Virčiupis, Voverkis, Vilvedis, Kūra, Vilkytis, Vingris, Vėšėtinis, Naga, Ašvinė... Mūšos Tyrelio pelkėje tyvuliuoja vienintelis rajone, 5,7 ha plotą užimantis Miknaičių ežeras. Dar yra 24 tvenkiniai, kurių plotas nuo 1 iki 30 ha.
Miškai, kiek jų šiame krašte belikę, paprastai mišrūs su egle arba plačialapiai medynai, ypač uosynai. Natūralių pievų, pelkių taip pat mažai belikę, tačiau kur tik išlikęs kokios natūralios pievos lopinėlis, neįkainojamos vertės savo biologine įvairove. Šiose pievose pamatysi ir raktažolių pelenėlių bei tuklių sąžalynus, blusinių ir laibakočių viksvų, bestiebių usnių, melsvųjų melitų, baltijinių gegūnių ir kitų retenybių.
Daunoravos ir Martyniškių dvarvietėse aptinkamas gumbuotasis gurgždis. Tai tikra gyvoji kultūrinių augalų iškasena, sukultūrinta prieš šimtus ar tūkstančius metų, vėliau ilgainiui užmiršta ir visoje Vidurio Europoje išnykusi. Gurgždis, kol į Europą nebuvo įvežtos bulvės, buvo auginamas dėl krakmolingų šaknų, tačiau, buvo bulvių nukonkuruotas. Įdomu, kad šį augalą Lietuvoje galima pamatyti tik Šiaurės Lietuvoje: Joniškio bei Pakruojo rajonuose.

MIŠKAI

Latvijos pasienyje plytintys miškai labai įdomūs. Įdomūs ne tiek medynų sudėtimi, nes vyravusius čia ąžuolyninius eglynus daug kur jau pakeitę beržynai ir drebulynai, netgi liepos, kiek žolinių augalų įvairove. Šiuose miškuose, kaip niekur kitur, gali pamatyti tiek daug plačialapių kurpaičių. Maža to, čia rasi ir tokį augalą, kuris auga tik čia, ir niekur kitur. Tai didžioji astrancija - gražus ir nepanašus į savo giminaičius, salierinių (skėtinių) šeimos augalas. Jeigu jau rasi miške šlapesnę bemiškę vietą, tai būtinai aptiksi ir kokių retų augalų - tai raktažolės pelenėlės pradžiugins kukliais rožiniais žiedeliais, tai šviesiai salotiniai vabzdžiaėdžių tuklių „taukuoti" lapeliai, tai melsvieji melitai ar bent jau kitur retos švelniosios kreisvės, laibakotės viksvos, dygiosios bestiebės usnys. Pamiškes, miško aikšteles čia kur ne kur nuostabiais žiedynais dabina gėlynus galinčios papuošti įvairialapės usnys bei paprastieji burbuliai.
Kaip ir Žagarės miškas, pietvakarinėje rajono dalyje plyti ir Didmiškio-Jurdaičių-Reibiniškių, Girkančių-Minčaičių, Tyrelio, Laumakių miškai, o centrinėje rajono dalyje Daunoravos ir Satkūnų miškai. Kažkada čia vešėjusius ąžuolyninius eglynus bei uosynus, nūnai yra pakeitę nemaži beržynų bei drebulynų plotai, atsodinti gryni eglynai. Nors ne tik Žagarės miške dar yra išlikusių ir ąžuolyninių eglynų bei grynų uosynų medynai.
Vertingas gamtiniu požiūriu, nors ir visai nedidelis yra miškas prie Dilbinėlių, kuriame gausiai auga plačialapės klumpaitės, saugomas kaip Natūra 2000 teritorija. Tokią pat apsaugos teritorijos statusą turi beveik pusantro tūkstančio hektarų plote plytintis Mūšos Tyrelio miškas, kuriame saugomi pelkiniai bei pelkėti lapuočių miškai. Natūra 2000 saugomos teritorijos statusą turi ir 1257 ha plote plytinis Veržių miškas, kuriame saugomi vertingi mišrūs bei plačialapiai miškai, taip pat Vilkijos upės slėnis, kuriame saugomi aliuviniai miškai bei eutrofiniai aukštieji žolynai.
Joniškio rajone yra nemažai gamtos vertybių: saugomų teritorijų, parkų, riedulių, medžių. Rajone yra penkios Valstybės saugomos teritorijos: Žagarės regioninis parkas bei 4 draustiniai. Didžiausia rajono gamtos vertybė - Žagarės regioninis parkas, įsteigtas 1992 metais, kuriame yra Žagarės miško botaninis-zoologinis draustinis, Gaudikių geomorfologinis draustinis, Žagarės ozas, dolomitinė atodanga.
Prie Žagarės-Kruopių-Akmenės kelio tarsi žmogaus supiltas 500 m ilgio bei 25 m aukščio pylimas iškilęs Žagarės ozas (Žvelgaičio kalnas), susidaręs tirpstant paskutiniam ledynui. Archeologų radiniai ir rašytiniai šaltiniai leidžia teigti, kad šia gamtos dovana naudojosi senovės žiemgaliai, turėję čia pilį.
Čia pat, Žagarėje, duobėtoje vietovėje, Švėtės krante yra Žagarės dolomitinė atodanga. Status, iki 3 m aukščio šlaitas čia tęsiasi 50 m ilgio. Jame matyti dolomitai su gipso priemaiša.

PARKAI

Žagarės parką dirbamose žemėse, 71,8 ha plote XVIII-XIX a. pabaigoje tuometinio dvaro savininko, dekabristo D. Naryškino užsakymu suprojektavo žinomas dendrologas Georgas Fridrichas Kuphaldtas. Nors pirmieji medžiai tuometinių dvaro savininkų Zubovų buvo pasodinti maždaug prieš 190 metų. Iki 1905 metų parką juosė akmenų siena su dviem sunkiais vartais. Parkas kraštovaizdžio stiliaus, jame vyrauja natūralūs gamtovaizdžiai, dendroflora gausi ir įvairi. Unikalios popieržievių beržų ir mažalapių liepų alėjos. Nors vyrauja vietiniai medžiai - paprastosios eglės, beržai, mažalapės liepos, paprastieji ąžuolai, tačiau parką puošia ir net 55 svetimžemių medžių bei krūmų rūšys. Ypač išsiskiria dabar jau galingi šimtamečiai bukai, juodosios, veimutinės bei kedrinės pušys, europiniai maumedžiai, pilkieji riešutmedžiai, amerikinės vinkšnos, didžialapės bei grakščiosios tuopos, glaustašakės paprastųjų ąžuolų formos, galingos balzaminės, kininės, pilkosios bei didžiosios tuopos, iš kurių kelios net 1,75 m skersmens ir 22 m aukščio, amerikiniai, pensilvaniniai uosiai, stebina paprastųjų uosių svyruoklinės formos skėčiai. Parkas nuostabus visais metų laikais, ypač pavasarį, kai skleidžiasi švelniai žali maumedžių spygliukai, žydi ievos, lanksvos ir alyvos, tiek rudenį, kai gelsta paprastųjų, platanalapių, trakinių, sidabrinių bei totorinių klevų lapai, vaisiais puošiasi zyboldo obelys, sodiniai putinai, paprastieji, totoriniai, vijokliniai, rytiniai, mėlynuogiai sausmedžiai, europiniai ožekšniai, raudonosios sedulos ir kt.
Gataučių (Vaizgučių) parkas, pasodintas 3 hektarų plote, įveistas XIX amžiaus pabaigoje - vietinės reikšmės gamtos paminklas. Parkas mišraus tipo. Yra išlikusios šimtamečių mažalapių liepų alėjos, tvenkinys su salele, betoniniai tilteliai per kanalą. Parke pasodinta 18 vietinų bei 8 introdukuotų medžių bei krūmų rūšys, iš kurių vertingiausia 60 cm skersmens bei 28 m aukščio juodoji pušis, galingos pilkosios tuopos, paprastieji kaštonai, gausūs karaganų krūmai.
Jakiškių parkas, įkurtas XIX amžiaus pabaigoje šalia Vilkiaušio upelio - vietinės reikšmės gamtos paminklas. Išlikę ir centriniai rūmai, statyti 1898 metais. Parką juosia mažalapių liepų alėjos, auga šimtametės vinkšnos, galingos 60 cm skersmens bei 28 m aukščio juodosios pušys, 35 cm skersmens bei 25 m aukščio baltoji eglė, maumedžiai, baltauogių meškyčių sąžalynai, karaganų bei pilkųjų lanksvų gyvatvorės.
Joniškio parkas (4 ha) pasodintas Joniškyje, kur išliko kadaise buvusio parko likučiai. 1964 m. joniškiečiai per talkas čia įveisė naują parką. Pasodinta 15 vietinių ir 22 introdukuotų rūšių medžių ir krūmų. Parke esama paprastųjų eglių, ąžuolų, klevų, plaukuotųjų ir karpotųjų beržų. Iš svetimžemių, gausu didžiųjų glaustašakių juodųjų, pilkųjų, kininių, tuopų. Įvairūs parko gluosniai: baltieji ir jų svyruoklinės, sidabrinės formos. Akį traukia trakiniai, uosialapiai klevai bei platanalapių purpurinės formos. Gražus kituose parkuose retokas popieržievis beržas. Be to, auga tujos, sibiriniai maumedžiai.
Satkūnų parkas (1,7 ha) yra Satkūnų kaime, XIX a. įveistas senoje dvarvietėje landšaftinio stiliaus parkas išliko iki mūsų dienų.
Parke auga plaukuotieji ir karpotieji beržai, klevai, mažalapės liepos, uosiai, žilvičiai, lazdynai. Iš introdukuotų spygliuočių yra vešlios pilkosios ir melsvaspyglės pocūgės ir japoninis maumedis. Gausu krūmų ir medelių: lenktašakių forzitijų, darželinių ir plaukuotųjų jazminų, dygliuotųjų šaltalankių, penkiaskilčių vynvyčių. Iš viso čia auga 27 rūšių medžiai ir krūmai.
Skaistgirio parkas (8 ha) imtas kurti 1963 m. pagal architektės I. Šešelgienės projektą Skaistgirio miestelyje.
Dabar čia auga 16 vietinių ir 80 introdukuotų rūšių medžiai ir krūmai. Tai europiniai maumedžiai, didžiosios ir pilkosios pocūgės, kalninės pušys, didžiosios, vakarinės bei rytinės tujos, jų rutulinės ir piramidinės formos, kazokiniai kadagiai, vengrinės, kininės, paprastosios alyvos. Puikuojasi šiauriniai ąžuolai, cukriniai, ginaliniai, platanalapiai klevai, didžialapės liepos, švediniai šermukšniai, pilkieji riešutmedžiai. Ypač parke gausu krūmų. Tai gausiažiedžiai, lenktašakiai, paprastieji, žvilgantieji kauleniai, penkių rūšių lanksvos: Biljardo, Bumaldo, gauruotoji, japoninė, niponinė. Gausiažiedės ir uoginės obelys, trilapės ptelijos, sedulos, paprastieji bei Tunbergo raugerškiai ir raudonlapės formos ir jų krūmai. Auga ankstyvosios veigelės, rūgštieji žagreniai, vėlyvosios, Makio ievos, japoniniai svarainiai bei kiti parkuose retoki augalai.
Joniškio rajone, be minėtų parkuose augančių šimtamečių medžių, keletas ypatingų yra paskelbta gamtos paminklais. Miškuose veši du įspūdingi dvikamieniai ąžuolai. Endriškių girininkijos Beržynės miško 14 kvartale auga 25 m aukščio bei 1,9 m skersmens Beržynės ąžuolas į du liemenius šakojasi dviejų metrų aukštyje, o Skaistgirio girininkijos Skaisgirio miško 18 kvartale augantis 24 m aukščio bei 1,2 m skersmens dvikamienis ąžuolas dar įspūdingesnis, nes du jo liemenys, tarp kurių žiojėja keliasdešimt centimetrų ertmė, 2,5 m aukštyje suaugę į vieną, o aukščiau vėl išsiskyrę. Satkūnų apylinkėse Vaineikių kaime auga įspūdingas, nuo žaibų sugumbėjęs 28 m aukščio bei 1,9 m skersmens gumbuotasis ąžuolas. Įspūdingas, Endriškių girininkijos Maldenių miške, ant aukštos kalvos, tarsi šio krašto patriarchas, besižvalgantis, veši 25 m aukščio bei 1,7 m skersmens Maldenių ąžuolas. Važiuojant Joniškio - Naujosios Akmenės keliu Skaistgirio apylinkėje Taučiūnų kaime akį patraukia 25 m aukščio ir 1 m skersmens, tiesiu liemeniu ir galinga laja šimtametė Taučiūnų liepa.

Žagarės regioninio parko administracija

VALSTYBĖS SAUGOMOS TERITORIJOS

Pabalių botaninis draustinis

Draustinis įsteigtas siekiant išsaugoti didžiosios astrantijos (Astrantia major) augavietes. Draustinio plotas 48,8 ha. Draustinis yra Žagarės girininkijos 1-2 kvartaluose. Didžiosios astrantijos draustinyje gausiai auga šaltiniuotame Švėtės slėnyje. Pavieniai augalai aptinkami prie miško keliukų. Augalų populiacijos yra stabilios, jas sudaro įvairaus išsivystymo lygio augalai. Draustinyje yra aprašyta saugoma augalų bendrija astrantinis uosynas (Astrantio-Fraxinetum).

Vilkijos hidrografinis draustinis

Draustinio plotas 63,1 ha. Jį sudaro upės vaga pakrančių medynai ir slėnio natūralios pievos. Paskirtis -išsaugoti Lielupės baseino Žiemgalės lygumos natūralios upės slėnį. Draustinis įkurtas 1988 m. Upė maitinama paviršiniais gruntiniais vandenimis. Pavasarinių polaidžių metu ir gausių kritulių laikotarpiais Vilkija staiga patvinsta. Sausringais periodais upės vagoje lieka nedidelės vandens properšos, tai būdinga daugeliui Žiemgalės lygumos upelių. Upelio vagoje, kuri labai vingiuota, guli daug didelių riedulių. Vilkijos pakrantėse auga uosiai, vinkšnos, trapieji ir baltieji gluosniai, baltalksniai, juodalksniai. Šios medžių ir kitų augalų rūšys suformuoja vertingas botaniniu požiūriu buveines. Dalis draustinio teritorijos (nuo Bandorių kaimo iki Latvijos respublikos) yra įtraukta į. gamtinių buveinių apsaugai svarbių teritorijų sąrašą NATURA 2000. Čia išskiriama buveine-aliuviniai miškai, kodas-91E0. Didesni natūralių pievų plotai išsidėstę prie upės vingių.Vyrauja purienynai (Calthion palustris ), mažiau paplitę aukštaviksvynai (Magnocaricion elatae). Vilkijos slėnyje aptinkamos saugomos augalų rūšys: paprastoji tuklė (Pinguicula vulgaris), totorinė maludė (Conioselinum tataricum), baltijinė gegūnė (Dactylorhiza longifolia) raudonoji gegūnė (Dactylorhiza incarnata) raktažolė pelenėlė (Primula farinosa), epifitinė samana plunksninė pliusnė (Neckera pennata). Upelio vagoje, ant vandens skalaujamų akmenų auga labai reta saugoma samana Arnoldo skeltadantė (Fissidens arnoldii). Draustinyje pastoviai gyvena ūdros (Lutra lutra).

Mūšos tyrelio telmologinis draustinis

Mūšos tyrelio kraštovaizdžio draustinis įsteigtas 1988 m. 1997 m. draustinis patvirtintas kaip telmologinis. Draustinio tikslas išsaugoti Mūšos tyrelio aukštapelkės dalį ir apypelkio miškus. Teritorijos plotas 1449 ha.
Mūšos tyrelis yra viena iš vertingiausių saugomų teritorijų Šiaurės Lietuvoje. Šį sudėtingą gamtinį kompleksą sudaro didelė aukštapelkė, tarpinio tipo pelkės, žemapelkės ir šlapi miškai. Aukštapelkėje telkšo vienintelis natūralus Joniškio rajone Miknaičių ežeras. Jo plotas 5.7 ha Mūšos tyrelio iš šiaurės supa dirbami miškai, rytinėje pusėje yra durpynas, pietų ir vakarinėje pusėje- didoki Tyrelio ir Girkančių miškai. Aukštapelkės didžiąją dalį sudaro gailiniai pušynai (Ledo-Pinetum). Pelkės lago vyraujančiose bendrijose edifikatorius (vyraujanti rūšis) yra laiboji viksva (Carex lasiocarpa). Pietinėje aukštapelkės dalyje plyti tarpinio tipo pelkių plotai kurioms savotišką aspektą suteikia reti nendrių sąžalynai. Sparčiai mažėjantys aukštapelkės plynės plotai yra rytinėje draustinio pusėje. Čia tarp kelių dešimčių nedidelių ežerokšnių yra paplitę baltasaidrynai. Pažliugusiose plynės properšose yra susiformavę saugomos augalų bendrijos kimininio baltasaidryno (Sphagno tenelli- Rhynchosporetum albe ) fragmentai. Apypelkio miškuose vyrauja šlapi ir klampūs juodalksnynai. Dalis draustinio miškų yra įtraukti į gamtinių būveinių apsaugai svarbių teritorijų sąrašą NATURA 2000 dėl jame esančių pelkinių miškų. Buveinės kodas-9080. Saugomos augalų rūšys: baltijinė gegūnė (Dactylorhiza longifolia) ir siauralapė gegūnė (Dactylorhiza traunsteineri) aptinkamos tarpinio tipo pelkėse. Pelkę juosiančių griovių šlaituose auga raktažolės pelenėlės (Primula farinosa), paprastoji tuklė (Pinguicula vulgaris) raudonoji gegūnė (Dactylorhiza incarnata). Remiantis literatūriniais duomenimis galima teigti, kad draustinio teritorijoje buvo aptiktos saugomos augalų rūšys širdinė dviguonė (Listera cordata) ir šakotoji ratainytė (Cladium mariscus). Labai įvairiarūšė draustinio ornitofauna. 1996-1999 m. Mūšos tyrelyje užregistruota 115 paukščių rūšių. Saugomos rūšys, jų užregistruota 22 tai: pilkoji antis (Anas strepera), šaukštasnapė antis (Anas clypeata), juodasis gandras (Ciconia nigra), gyvatėdis (Circaetus gallicus), pievinė lingė (Circus pigargus), starsakalis (Falco columbarius), vapsvaėdis (Pernis apivorus), mažasis erelis rėksnys (Aquila pomarina), gervė (Grus grus), tetervinas (Tetrao tetrix), švygžda ( Porzana porzana), griežlė (Crex crex), dirvinis sėjikas (Pluviatilis apricaria), tikutis (Tringa glareola), raudonkojis tulikas (Tringa totanus), didžioji kuolinga (Numenius arguata), gaidukas (Philomachus pugnax), paprastasis griciukas (Limosa limosa), balinė pelėda (Asio flammeus), žalioji meleta (Picus viridis) pilkoji meleta (Picus canus), plėšrioji medšarkė (Lanius excubitor). Mūšos tyrelis yra viena iš svarbiausių migruojančių vandens ir pelkių paukščių poilsio ir mitybos vietų. Sezoninių migracijų metu čia apsistoja šimtiniai rudagalvių (Anas crecca) ir dryžgalvių kryklių (Anas querquedula) būriai. Želmeninės žąsys (Anser fabalis) kartais laikosi tūkstantiniais būriais. Tikutis (Tringa totanus) yra įtrauktas į Europos ekologinį tinklą NATURA 2000, šios rūšies apsaugai svarbi teritorija sutampa su Mūšos tyrelio telmologinio draustinio ribomis. Draustinyje pastoviai, nors negausiai gyvena baltieji kiškiai. Kitos saugomos žinduolių rūšies -ūdros yra pastebėtos veiklos požymiai. Draustinio teritorijoje aptinkamos saugomos vabzdžių rūšys: vabalai žalvarinis pušniažygis (Carabus nitens), didysis skydvabalis (Peltis grossa), drugiai baltmargė šaškytė (Euphydrias maturna), rudakis satyriukas (Coenonympha hero), didysis auksinukas (Lycaena dispar). Pelkinis satyras (Oeneis jutta) reta, saugoma rūšis, drugiai vasaros pradžioje, skraido gailiniuose pušynuose.

Švėtės botaninis draustinis

1998 metais įsteigtas Joniškio savivaldybės Švėtės botaninis draustinis. Jo įsteigimo tikslas- išsaugoti retas ir saugomas augalų bendrijas ir retas bei saugomas augalų rūšis. Draustinį sudaro Švėtės slėnio natūralios pievos, kalkingos žemapelkės, pakrančių ir šlaitų medynai, atodangų buveinės su besiformuojančiais kalkiniais tufais. Draustinis ribos tai Švėtės slėnio atkarpa nuo Žagariškių kaimo iki valstybinio Pabalių botaninio draustinio. Upės slėnio terasose kur išteka kalkingo vandens šaltiniai, fragmentiškai paplitę saugomos augalų bendrijos pelkiniai mėlitynai (Seslerietum uliginosae). Bendrijos vyraujanti rūšis melsvasis melsvasis mėlitas (Sesleria caerulea), kaip iš čia gausiai aptinkamos baltijinė gegūnė (Dactylorhiza longifolia), raudonoji gegūnė (Dactylorhiza incarnata), yra saugomos augalų rūšys.
Vertingos ir retos Lietuvoje yra šarmingos žemapelkės, kurios draustinyje paplitę viršutinėje slėnio terasoje. Čia gausiai auga raktažolė pelenėlė (Primula farinosa), paprastoji tuklė (Pinguicula vulgaris). Rečiau aptinkama Rusovo gegūnė (Dactylorhiza russowii). Vidurinėje slėnio juostoje veši plačios natūralios pievos. Jose vyrauja purienynų (Calthion palustris) ir trąšių pievų (Arrhenatheretalia elatioris) augalų bendrijos. Slėnio šlaitų medynuose yra paplitusi didžioji astrantija (Astrantia major). Išskirtinę vertę turi Švėtės atodangos. Jos įdomios savo geologine sąranga ir čia aptinkamomis retomis buveinėmis: šaltiniai su besiformuojančiais tufais. Čia auga savitos samanų rūšys: kačioji pelkmė (Palustriella commutata), ir balkšvoji drėgva (Amblyodon dealbatus) ši labai reta rūšis Lietuvoje yra saugoma.


Žagarės regioninis parkas

Žagarės regioninis parkas įsteigtas 1992 m. siekiant išsaugoti Švėtės paslėnių ir Žagarės miško kraštovaizdį, jo gamtinę ekosistemą bei kultūros paveldo vertybes, jas tvarkyti ir racionaliai naudoti . Regioninio parko paskirtis yra: išsaugoti Žagarės apylinkių kraštovaizdį, lygumoje aiškiai matomą Gaudikių moreninį gūbrį; išsaugoti šias kultūros paveldo vertybes: Senosios Žagarės urbanistinį kompleksą su originalia vietinio akmens mūro bažnyčia, dvarviete, Žvelgaičio piliakalnio archeologiniu kompleksu, taip pat miesto barokinę bažnyčią, savitą molio mūro kleboniją, Žagarės dvaro ansamblį, unikalų žirgyną, vėjo malūną, parką, Raktės piliakalnį; išsaugoti gamtinės ekosistemos stabilumą, biotos komponentus, savitą augaliją ir gyvūniją, botaniniu požiūriu vertingus miškus su retomis augalų bendrijomis, retų augalų augavietėmis, svarbias vandens paukščių perėjimo ir poilsio migracijų metu vietas; atkurti sunaikintus ir pažeistus gamtos, kultūros kompleksus bei objektus; vykdyti tyrimus ir stebėjimus, kaupti informaciją gamtosaugos, kultūros paveldo apsaugos ir kitose srityse;.sudaryti sąlygas plėtoti pažintinį turizmą ir poilsiavimą tam skirtose zonose bei vietose. Žagarės regioninio parko plotas 4930 ha. Šioje saugomoje teritorijoje yra išskiriamos konservacinio - 1158,2 ha., rekreacinio - 153,3 ha., apsauginio - 886,4 ha., ūkinio - 1880,1 ha. prioriteto teritorijos. Gyvenamoji zona užima - 783 ha. plotą. Bendro naudojimo vandens telkiniai ir kiti plotai-89 ha. Regioniniame parke yra keli gamtiniai draustiniai.
Žagarės botaninis - zoologinis draustinis, kurio plotas 843,5 ha.įsteigtas išsaugoti šiaurės Lietuvai būdingus ąžuolyninius eglynus, įvairiarūšią gyvūniją, bei vieną iš gausiausių Lietuvoje plačialapių klumpaičių populiacija. Be plačialapės klumpaitės (Cypripedium calceolus) draustinyje aptinkamos ir kitos saugomos augalų rūšys: įvairialapė usnis (Cirsium heterophyllum), didžioji astrantija (Astrantia major), šiurkštusis katilėlis (Campanula cervicaria) pievinė poavižė (Helictotrichon pratense), tarpinis rūtenis (Corydalis intermedia), aukštoji gegūnė (Dactylorhiza fuchsii), baltijinė gegūnė (Dactylorhiza longifolia), statusis atgiris (Huperzia selago), retažiedė miglė ( Poa remota), juodagalvė bajorė (Centaurea phrygia), miškinė dirsuolė (Bromopsis benekenii), melsvasis mėlitas (Sesleria caerulea), pataisas - statusis atgirys (Huperzia selago), samanos: plunksninė pliusnė (Neckera pennata), žalioji tumė (Zygodon viridissimus).
Žagarės miško 90 kvartalas yra vadinamas Didmargio mišku. Čia yra įsteigtas Didmargio botaninis draustinis, kurio tikslas yra išsaugoti saugomą augalų bendriją astrantinį uosyną (Astrantio-Fraxinetum), bei didžiosios astrantijos (Astrantia major) augimvietes. Draustinio plotas: 28,4 ha. Draustinyje didžiosios astrantijos populiacijos yra gausios, jos paplitę brandžiuose uosynuose ir prie miško kvartalinių linijų. Dar draustinyje yra paplitusios saugomos augalų rūšys: plačialapės klumpaitės (Cypripedium calceolus), aukštoji gegūnė (Dactylorhiza fuchsii), retažiedė miglė ( Poa remota), miškinė dirsuolė (Bromopsis benekenii), samana plunksninė pliusnė (Neckera pennata).
Dilbinėlių botaninis draustinis. Ši saugoma teritorija pavadinta pagal šalia esančio kaimo pavadinimą. Draustinis yra Žagarės miško 68, 78, 79 kvartaluose. Plotas 68,5 ha. Įkūrimo tikslas yra išsaugoti šiaurės ir vidurio Lietuvai būdingus ąžuolyninius eglynus su retosiomis augalų rūšimis. 78 miško kvartale auga brandus, apie 150 metų senumo ąžuolynas. 79 miško kvartale yra išlikę nemaži natūralių pievų plotai. Draustinyje aptinkamos 12 saugomų augalų rūšių. Retesnės iš jų tai, plačialapė klumpaitė (Cypripedium calceolus), raktažolė pelenėlė (Primula farinosa), paprastoji tuklė (Pinguicula vulgaris), įvairialapė usnis (Cirsium heterophyllum), samana riestasis ktenidis (Ctenidium molluscum). Botaninių draustinių plotai yra priskiriami ekosistemų apsaugos miškams. Sklypai kur auga saugomos augalų rūšys, kertami tik įšalus gruntui, kirtimų plotai yra ribojami, nekertama plynai.
Gaudikių geomorfologinis draustinis įsteigtas išsaugoti lygumoje ryškų Gaudikių moreninį gūbrį - Linkuvos moreninio kalvagūbrio fragmentą. Teritorijos plotas-66,3 ha. Draustinio teritorija apima vaizdingą Linkuvos gūbrio atkarpą tarp Gaudikių ir Tarbūčių. Ilgos plokščios kalvos palaipsniui pereina į negilias įlomes, kuriomis nutįsta nevandeningų upelių vagos. Aukščiausia draustinio kalva iškyla 92,5 m virš jūros lygio ir yra aukščiausias Linkuvos gūbrio taškas Lietuvoje.
Žagarės ozo šlaituose yra paplitusi saugoma pievinės poavižės (Helictotrichon pratense) bendrija. Lietuvoje šios augalų bendrijos yra retos, ir nepakankamai ištyrinėtos. Žagarės regioniniame parke nuolatos gyvena gana retos saugomos žinduolių rūšys: ūdra (Lutra lutra) ir šermuonėlis (Mustela erminea). Baltasis kiškis (Lepus timidus ), pastebimas retai. Lūšis (Lynx lynx), regioninio parko retenybė, stebėta 2006 m. Gamtinių buveinių gausa ir geros mitybinės sąlygos nulemia retųjų paukščių įvairovę. Veisimosi laikotarpiu galima aptikti: didįjį baublį (Butaurus stellaris)-Žvelgaičių tvenkinio nendrynai. Žagarės miške peri: juodasis gandras (Ciconia nigra), mažasis erelis rėksnys (Aquila pomarina), sketsakalis (Falco subbuteo), baltnugaris genys (Dendrocopus leucotos), gervė (Grus grus), pilkoji meleta (Picus canus), griežlė (Crex crex) ir putpelė (Cotornix cotornix) dažnesnės ganyklose ir Švėtės paupiuose.
Buvusiuose dolomitų ir žvyro karjeruose yra gausios, saugomos varliagyvių rūšies, nendrinės rupūžės (Bufo calamita) nerštavietės. Žagarės apylinkių vabzdžių rūšinė įvairovė yra ištyrinėta nepakankamai. Žagarės miške 2005 m. aptiktas dvinulis pelėdgalvis (Dicycla oo) ši rūšis labai retai randama Lietuvoje, ir yra įrašyta į Raudonąją knygą. Dažnesnės saugomos vabzdžių rūšys: drugiai, tamsioji šaškytė (Melitaea diamina), auksuotoji šaškytė (Euphydryas aurinia), baltamargė šaškytė (Euphydryas maturna), rudaakis satyriukas (Coenonympha hero), akiuotasis satyras (Lopinga achine), didysis auksinukas (Lycaena dispar), vabalas, didysis skydvabalis (Peltis grossa) yra paplitę Žagarės miške. Puošniausias Lietuvos drugys, machaonas (Papilio machaon) skraido gerai įšildomuose kalvelių šlaituose, dobilienose. Žagarės parko senų ąžuolų pūvančioje medienoje vystosi niūriaspalvio auksavabalio (Osmoderma eremita ) lervos. Ši reta saugoma vabalų rūšis.

GAMTOS PAMINKLAI

AKMENYS

Tyrelio akmuo

Tai valstybės saugomas geologinis gamtos paveldo objektas. Jo adresas: Šiaulių apskritis, Joniškio rajono savivaldybė, Gaižaičių sen., Joniškio miškų urėdijos Mikaičių g-jos (69 kv, 7 skl.) teritorija, Mūšos tyrelio telmologinis draustinis.
Pagrindiniai duomenys:
Aukštis - 1,45 m.
Ilgis - 3,2 m.
Plotis - 3,0 m.
Didžiausia horizontali apimtis - 11,2 m.
Sudėtis - granitas
Kultūrinės detalės - ant akmens iškalti mitologiniai ženklai

MEDŽIAI

Žagarės miško veimutinė pušis - tai botaninis gamtos paveldo objektas.

Pagrindiniai duomenys:
Veimutinė pušis (Pinus strobus)
Kamieno apimtis 1,3 m. aukštyje - 2,23 m.kamieno skersmuo 1,3 m. aukštyje - 0,73 m.
Medžio aukštis - 32 m.
Lajos aukštism - 9 m.
Lajos plotis - 12 m.
Lajos forma - koloniška
Lajos projekcijos plotas - 120 m2

Butlerio dvaro liepa

Medis auga buvusioje dvarvietėje, yra labai vešlus ir gyvybingas.
Pagrindiniai duomenys:
Rūšis - Mažalapė liepa (Tilia cordata)
Kamieno skersmuo - 1,3 m. aukštyje - 1,3 m.
Kamieno apimtis - 1,3 m. aukštyje - 4,20 m.
Aukštis - 21 m.
Medžio amžius - 150-200 m. (sprendžiant pagal medžio brandą)

Veršių ąžuolas

Ąžuolas auga Veršių kaime. Medis nuo seno vadinamas „Byčių ąžuolas". Sodiečių Byčių palikuonių Veršiuose jau nebėra. Senieji kaimo gyventojai pasakoja, kad medį sodinę Byčių proseneliai ir jo amžius gali būti 300 m. Ąžuolas labai gyvybingas, stuomuo ir šakos sveikos, drevių ir kamieno įskilimų nėra.
Pagrindiniai duomenys:
Rūšis - Paprastasis ąžuolas (Quercus robur.)
Kamieno skersmuo - 1,3 m. aukštyje - 1,7 m.
Kamieno apimtis - 1,3 m. aukštyje - 5,15 m.
Aukštis - 22 m.
Medžio amžius - 250-300 m. (sprendžiant pagal medžio brandą)

PARKAI

Žagarės parkas

Vientiso Senosios Žagarės sodybos ansamblio neišliko. Jį mums primena tik išlikę atskiri buvusio dvaro parko fragmentai. Verta dėmesio čia auganti liepa, viena didingiausių Lietuvos parkuose.
Naujosios Žagarės dvaro parkas XIX a. pabaigoje rekonstruotas ir išplėstas pagal žymaus dendrologo Georgo Friedricho Ferdinando Kuphaldto (1853-1938) projektą. Šis parkų specialistas, jaunystės metais išvažinėjęs visą Rusijos imperiją ir kruopščiai išstudijavęs įvairiausių klimatinių zonų miškus bei parkus, susipažinęs su pasauline dendrologijos patirtimi ir literatūra, projektavo gamtinius parkus. Savo patirtį jis perteikė monografijoje „Praxis der angewandten Dendrologie".
Parkas buvo aptvertas medine tvora mūro cokoliu - „volu". Į parką buvo patenkama per tris įvažiavimus, prie kiekvieno iš jų stovėjo po sargo namelį.
Parkas susideda iš dviejų dalių. Vakarinė geometrinė parko dalis, esanti prie rūmų, suformuota XIX a. I pusėje. Prie pietinio fasado buvo esplenada - terasos, takai, gėlynai, apskritas baseinėlis su fontanu. Senosios parko dalies erdvės nedidelės, perspektyvos artimos, daugiaplanės.
Naujoji parko dalis suformuota 1898-1900 m. pagal G. F. F. Kuphaldto projektą. Jis lygiame dirbamos žemės lauke įrengė anglišką peizažinį parką. Anot parko tyrinėtojos Nijolės Lukšionytės-Tolvaišienės, parko „struktūrą lėmė trys atsišakoję tiesūs keliai ir keletas lenktų takų. Medynai naujajame parke išdėstyti didelėmis grupėmis, erdvės čia didelės, perspektyvos gilios, daugiaplanės. Apie trečdalis augalų - spygliuočiai. (...) Parko kompozicijos vientisumui pakenkė teritorijos dalinimai. 1928 m. dalis parko paversta sodu; 4-ajame dešimtmetyje nutiesta naujų takų, pakoreguotas parko suplanavimas, įvesta naujų želdinių. Sovietmečiu 24 ha teritorijos buvo atiduota miesto kultūros ir poilsio parkui, 14 ha - ligoninei. Vakarinėje dalyje įkurdintos sovietinių karių kapinės".
Žagarės parkui iškilus XIX a. pabaigoje kraštovaizdžio architektas ir dendrologas Rygos parkų ir sodų direktorius G. F. F. Kuphaldtas buvo parinkęs unikalų dendrofloros asortimentą ir nepriekaištingą augalų ekspoziciją. Dideliame parko plote tų pačių rūšių augalai išdėstyti įvairiai - pavieniui, grupelėmis ir grupėmis, gryni ar derinami su kitais medynų pakraščiuose ir ištisais masyvais. Tokie želdynai ilgai išlieka; ne taip juntamos spragos, sunykus kai kuriems augalams. Parko vientisumą gali suardyti sparčiai nykstančios eglės, beje, ne tik Žagarėje, bet ir visoje Lietuvoje.
Naujosios Žagarės parkas jau daugelį metų - vienas puošniausių ir architektūriniu požiūriu įdomiausių parkų Lietuvoje.
Augalijos įvairove Žagarės parkas nusileido tik Palangos parkui. Pagal G. F. F. Kuphaldto projektą buvo pasodinta daugiau negu 200 želdinių rūšių. Daugiau kaip 100 jų auga ir dabar, yra puikus medžių išdėstymo medynais, grupelėmis ir vienišiais etalonas.
XX a. trečiame dešimtmetyje dar jauną parką tyrė botanikas J. Kuprevičius, 1953 m. - V. Gladas ir R. Jusaitis, 1974 m. brandžiame parke tyrimus atliko K. Labanauskas. Dar J. Kuprevičius pažymėjo, kad bene gražiausiai parke auga bukai, bene stambiausi Lietuvos parkuose. R. Jusaitis akcentuoja, kad jie susitelkę į keliasdešimties medžių giraitę, keliose kitose vietose - pavieniui, grupelėmis. Bukų gausumu Žagarę pralenkia tik Priekulės ir Kliošių parkai.
Iš spygliuočių medžių gausiausiai įveisti europiniai maumedžiai, kurių per 200 pasodinti keturiomis grupėmis abipus Žagarės-Joniškio kelio, taip pat keliose vietose pavieniui ar grupelėmis. Be europinių, parke veši keletas japoninių maumedžių.
Šalia parke gausiai augančių paprastųjų eglių nemažai įveista ir baltųjų (kanadinių). Puikiai atrodo juodosios pušys. Prasčiau sunkokoje dirvoje auga taip pat dešimtimis sodintos veimutinės pušys. Pastaraisiais dešimtmečiais parke sunyko nemažai senųjų lapuočių medžių. Parke auga ir daugiau įdomių rūšių bei formų liepų, klevų (ypač puikūs sidabriniai), riešutmedžių, svyruoklinių uosių. Anksčiau parke augo daug retų dekoratyvinių krūmų, tačiau dalis jų, pasenę arba savaiminukų užgožti, išnyko.
Dauguma Žagarės parko medžių - atvežtinių ir savaime augančių - pasodinti tiksliai pagal projektą buvusiose dirbamose žemėse, tik vėlesniais nepriežiūros metais tarp jų įsiterpė savaiminukų.
Po Pirmojo pasaulinio karo Žagarei praradus prekybinę ir kitą svarbą bei savininkų dėmesį, parko nepajėgta tinkamai prižiūrėti. Liko neįgyvendintas ir 1974 m. Paminklų restauravimo, projektavimo instituto parengtas (architektė J. Stepanavičienė, parkotyrininkas K. Labanauskas) projektas.
Parkas neatsiejamas ne tik nuo didelių rūmų, bet ir nuo keliolikos originalių ūkio pastatų. Iš jų pažymėtinas unikalus žirgynas su maniežu bei gyvenamaisiais pastatais (1972-1982 m. restauruotais pagal architekto V. Gabriūno projektą), vadinamasis Raudondvario ūkio kompleksas, iš griuvėsių prikeltas vėjo malūnas. Jo didybę pavaizdavo dailininkas, architektas M. Dobužinskis.
1953 m. Žagarės parke dirbę studentai čia suskaičiavo 6290 medžių, kurių dauguma yra 17 rūšių, augančių dešimtimis ir šimtais. Iš viso parke rasta apie 70 rūšių ir formų medžių bei 60 rūšių ir formų krūmų.
Keliolikos rūšių medžiai bei krūmai atželia savaime, daugelį galima dauginti sėjinukais, auginiais bei skiepūgliais. Per praėjusius dešimtmečius rūšinė želdyno sudėtis smarkiai pakito dėl klimato, augalų amžiaus ir ypač dėl priežiūros stokos. Dalis retų medžių, ypač krūmų, išnyko, nors kurį laiką želdinių entuziasto Keturakio pastangomis kai kurios rūšys papildytos.
1924 m. dalis Žagarės parko perėjo miesto žinion ir palaipsniui tapo miesto parku. Taip ilgą laiką Žagarės parkas, paprastiems žmonėms buvęs „uždraustąja žeme", tapo atviras visuomenei.
Parke ir šiandien daug įvairių kelių, takų. Pastarųjų daugiau senojoje parko dalyje. Beveik visi jie buvo profiliuoti, daugelis nepakeisti iki šiol. Naujajame parke daug naujų takų, išvestų 1936 m. ir vėliau. Žagarės parkas iki šiol yra vienas didžiausių ir meniškiausių šalies parkų. Visuomenė mėgsta ir lanko jį.
Pastaraisiais metais parke įrengtas dendrologinis takas. Pažintinio tako ilgis - 2 km. Įrengta 15 medžių stebėjimo stotelių.

GAMTOS PAMINKLAI

Žagarės ozas

Žagarės ozas tęsiasi per Žagarės miesto kalvas, Žvelgaičio piliakalnį, Šilelio mišką, Strėlių pušinėlį, Naugardėlio pakilimą iki Minčaičių. Ozo ilgis apie 8 km. Nemaža pietvakarinio jo galo dalis nuo Strėlių, pusės yra nukasta. Įspūdingiausios ozo dalies, Žvelgaičio piliakalnis, aukštis siekia 20 m. Ozo atkarpa (830 m.) abipus piliakalnio 1964 m. paskelbta geologiniu paminklu. Iš Lietuvos ozų, gamtos paminklų, Žagarės ozas yra ilgiausias ir įspūdingiausias, kadangi jį supančioje lygumoje nėra kitų kalvų ar kalnelių. Nuo kalno atsiveria puikus Žagarės ir jos apylinkių reginiai. Nuo 2002m. - geomorfologinis gamtos paveldo objektas.

Žagarės atodanga

Atodanga yra Žagarėje, ties Žvelgaičių ir Dolomito gatvių sankryža. Tai vėlyvojo Devono Žagarės svitos dolomitas (sienelė karjere), 1964 m. paskelbtas geologijos paminklas. Nuo 2002 m. - geologinis gamtos paveldo objektas.

ŽAGARĖS REGIONINIO PARKO IR JO GRETIMYBIŲ VANDENS TELKINIAI

Žagarės regioninio parko hidrografija ir hidrologiniai ypatumai

Šaltiniai
Švedpolio šaltinis yra Švėtės vidurupyje, dešiniajame krante (2 km žemiau Žagarės). Vanduo veržiasi iš laidžių tarpsluoksninių kvartero nuogulų. Šaltinis išteka 1,20 m aukščiau upės vandens lygio. Sraunia srovele už 12 m pasiekia Švėtės upę. Šaltinis išteka dvejomis nevienodo stiprumo proveržomis. Debitas - 2,5 - 0,5 l/s. Vanduo gėlas, prisotintas kalcio ir magnio hidrokarbonatų.
2002 m. jis buvo paskelbtas hidrogeologiniu gamtos paveldo objektu (Dėl aplinkos ministro 2002 m. gruodžio 20 d. įsakymo nr. 652 „Dėl valstybės saugomų gamtos paveldo objektų sąrašo patvirtinimo" pakeitimo, Valstybės žinios, 2005, Nr. 71-2566).

Pelkės
Durpynų kadastro duomenimis (LR Aplinkos..., 1995) Žagarės regioniniame parke pelkingų masyvų nėra.

Ežerai

Žagarės regioniniame parke natūralių ežerų nėra.


Upės ir upeliai

Žagarės regioniniame parke stambių upių nėra, tačiau hidrografinis tinklas neretas (5-1 lent.). Pagrindinė parko upė - Švėtė. Upės ištakos yra Šakynos apylinkėse, Šiaulių rajone. Švėtė yra kairysis Lielupės intakas. Aukštupyje upės vaga yra ištiesinta ir sureguliuotas vandens lygis. Regioninio parko teritorijoje upė yra natūrali. Upę maitina Mūšos-Tyrelio aukštapelkės vandenys, todėl Švėtės vandenyje yra daug humuso. Upėje nuo seno gyvena vėžiai. Yra įrengti du tvenkiniai.
Pagrindiniai regioninio parko teritorijai priklausantys Švėtės intakai - tai Katmilžis, Žiūrelis ir Vilkija. Katmilžis dar vadinamas Vienalūpiu. Žiūrelis - Bružu. Abiejų intakų vagos yra ištisai reguliuotos. Iš šių intakų parko teritorijoje į Švėtę įteka tik Žiūrelis, surenkantis nuotėkį iš palyginti nedidelio baseino - 8,9 km2. Katmilžis, Vilkija ir jų intakai - Vilkyčio, Kvietupio, Vilkytės, Skardupio bei kiti upeliai šiame regioniniame parke gauna pradžią. Didžioji upių, gaunančių pradžią Žagarės regioniniame parke, dalis yra už parko ribų.
Žagarės regioninio parko teritorijoje tekančios upės neturi jokio hidrografinio apsaugos statuso, tik Skardupio ištakos ir Vilkyčio (Vilkijos intakas) aukštupio atkarpos patenka į Žagarės botaninį-zoologinį draustinį.
Žagarės mieste, Švėtės upės šlaituose atsiveria dolomitinės atodangos. Žagarėje po nestora dirvožemio danga slūgso nuosėdinės uolienos - dolomito (CaMg (CO3)2) sluoksniai. Jie sudaro paleozoinės eros, devono periodo, Žagarės svitos sluoksnius, kurie susiformavo šiltos druskingos jūros dugne. Uolienų sluoksniai gerai matyti Švėtės krantuose, dugne ir buvusiame dolomitų karjere. Žagarės dolomitų telkinio 2,5 - 3,5 aukščio ir apie 200 m ilgio karjero sienelės 1964 m. paskelbtos valstybės saugomu gamtos paminklu, nuo 2002 m. geologinis gamtos paveldo objektas.

Tvenkiniai ir kitos vandens talpyklos

Žagarės regioninio parko teritorijoje, ant Švėtės upės buvo pastatytos dvi užtvankos bei suformuoti du dirbtiniai vandens telkiniai - Žvelgaičių tvenkinys bei Žagarės miesto tvenkinys.
Pirmasis, Žvelgaičių tvenkinys (5-2 lent.) yra įrengtas Žagarės ozo dauboje. Jo plotas 26,5 ha, maksimalus gylis - 1,80 m, maksimalus ilgis - 1,22 km. Tvenkinį maitina Švėtės upė. Tvenkinio vanduo kadaise sukdavo malūno girnas. Čia veikė Zigelio malūnas. Tvenkinio pakrantės apsuptos Žagarės ozo kalvomis, kurios apaugusios vaizdingais pušynais. Tvenkinyje gausu vandens augalijos, todėl čia peri nemažai vandens paukščių rūšių. Vandenyje gyvena lydekos, lynai, ešeriai, kuojos, raudis ir kitos žuvų rūšys.
Jis yra įrašytas į Lietuvos ežerų sąrašą (Lietuvos ežerų..., 1964) su morfometriniais duomenimis bei į Lietuvos ežerų klasifikatorių (Lietuvos respublikos aplinkos ministro įsakymas „Dėl Lietuvos Respublikos ežerų klasifikatoriaus patvirtinimo" 2003 m. kovo 21 d. Nr. 130). 1998 m. Aplinkos ministerijos išleistame „Tvenkinių kataloge" duomenų apie šį tvenkinį nėra.
Antroji užtvanka bei Žagarės miesto tvenkinys yra įrengti pačiame Žagarės mieste. Daugiau kaip prieš 100 metų užtvankos vietoje buvo natūralus Švėtės krioklys. XIX a. pastatyta užtvanka krioklį patvindė. Tarpukario metu čia buvo Strulio malūnas, varomas Švėtės vandens srovės. Prieš porą dešimtmečių pastatyta nauja betoninė užtvanka, kurią dėl išvaizdos žagariečiai vadina ,,bliūdu". Malūne įrengti butai, kuriuose įsikūrę miesto gyventojai.
Duomenų apie šį tvenkinį „Tvenkinių kataloge" nėra.

Šaltiniai

Už Žagarės regioninio parko ribų, greta Švedpolio šaltinio (2 km žemiau Žagarės), Švėtės dešinysis krantas pasižymi itin gausiu (priskaičiuojami net 33 šaltiniai) šaltinių skaičiumi. Jų vandenį alaus gamybai naudojo Kunsmano bravoras, kuris stovėjo netoli šaltinių. Bravoras veikė nuo XIX a. pabaigos iki XX a. pradžios.
Šie šaltiniai neturi jokio apsaugos statuso bei nepriklauso jokiai saugomai teritorijai.

Pelkės

Svarbiausi Žagarės regioninio parko apylinkėse yra 2 pelkingi masyvai (5-3 lent.). Pirmasis - tai į šiaurės rytus nuo regioninio parko, Švėtelės ir Švėtės upių baseine esantis, 419 ha užimantis Pabalių (Rukuižių) žemapelkinis masyvas. Antrasis - tai į pietus nuo regioninio parko, Mūšos ir jos intakų vandenskyroje išsidėstęs, 2430 ha užimantis Mūšos tyrelis, turintis tiek aukštapelkės (53%), tiek žemapelkės, tiek tarpinio ir mišraus (32%) tipo pelkių bruožų.
Pabalių (Rukuižių) pelkė priklauso Pagalių botaniniam draustiniui, o dalis Mūšos tyrelio (1448,9 ha) turi Mūšos tyrelio kraštovaizdžio draustinio statusą.

Ežerai

Greta Žagarės regioninio parko yra vienintelis Joniškio rajone natūralus vandens telkinys - Miknaičių ežeras, tyvuliuojantis Mūšos tyrelio pelkėje. Jo plotas - 5,7 ha, ilgis - 0,31 km, plotis - 0,22 km (5-4 lent.). Šis ežeras nėra tirtas batimetriškai, todėl duomenų apie jo gylį nėra.
Miknaičių ežeras priklauso Mūšos tyrelio kraštovaizdžio draustiniui bei yra įrašytas į valstybinės reikšmės ežerų sąrašą.

Upės ir upeliai

Žagarės regioninio parko apylinkių hidrografinis tinklas yra pakankamai tankus. Jį sudaro Žagarės regioniniame parke ištakas turintys, Lielupės baseinui priklausančių upelių vidurupiai ir aukštupiai (5-5 lent.). Tai Švėtės intakai - Žarė, Š-7, Juodupis I, Juodupis II, Š-5, Š-3, Š-1, Krūtės upelis, taip pat Vilkijos intakai - Cūdgriovis, Kūšupis, Vingris, Versmė, V-1 bei Švėtelės intakas - Švėtelė II. Visų jų vagos yra reguliuotos. Aplink parką, ypač pietrytinėje dalyje yra gausus melioracinių kanalų tinklas.

Tvenkiniai ir kitos vandens talpyklos

Už Žagarės regioninio parko ribų yra įrengti 2 tvenkiniai (5-6 lent.). Tai Švėtelės baseinui priklausantys, Daukšių ir Rukuižių tvenkiniai. Tai netoli vienas kito esantys, į rytus nuo regioninio parko nutolę, panašaus ploto (Daukšių - 5,3 ha, Rukuižių - 5,7 ha) dirbtiniai vandens telkiniai neturintys didesnės įtakos Žagarės regioninio parko hidrografinei sistemai.